조나탕 웰즈는 삼촌의 유언으로 집을 상속받아 가족과 살게 된다.삼촌을 알고 싶었던 조나탕은 할머니에게 삼촌인 에드몽 웰즈의 지하실로 내려가지 말라는 당부가 적힌 쪽지를 받게 되고, 조나탕은 우연한 한 번의 계기로 지하실을 들어가게 되며 이후 홀린 듯이 지하실에 찾아간다.동시에 개미의 사회에서는 수개미 327호가 가장 먼저 겨울잠에서 깨어나 동지들과 순찰을 나갈 일이 생기고, 그 순찰에서 327호를 제외한 모든 순찰 개미들이 영문을 모른 채 죽게 된다. 겨레에 위험이 다가오고 있다고 판단한 327호는 겨레에 뜻이 맞는 동료를 모아 위험을 알리고자 하나, 자신을 위협하는 바위 냄새를 풍기는 개미들에게 쫓기며 겨레가 감추고 있던 진실에 다가가게 된다.